El IRET-UNA tiene su origen en 1982 (Cuadro 1), como un proyecto de extensión universitaria con agricultores de Tierra Blanca de Cartago y de otras localidades agrícolas de país. En 1986, gracias al trabajo desarrollado y al apoyo recibido por parte de algunas agencias de cooperación nacional e internacional, que ayudaron a consolidar la experiencia en investigación y extensión en el ámbito nacional y centroamericano, se transforma en el Programa de Plaguicidas: Desarrollo-Salud-Ambiente (PPUNA).
En 1998 el Consejo Universitario de la UNA decide darle el rango de unidad académica y con este el mandato de realizar investigación, otorgándole el nombre de Instituto Regional de Estudios en Sustancias Toxicas (IRET-UNA). De 1986 a 1998 el Instituto (antiguo PPUNA), había creado dos laboratorios de investigación y negociado y ejecutado más de 30 proyectos de investigación y extensión en campos tales como: uso de plaguicidas en Centro América, capacitación de comunidades rurales, estudios epidemiológicos de intoxicaciones con plaguicidas, neurotoxicidad, intoxicaciones ocupacionales, trabajadores estériles, evaluación del equipo de protección, determinación de la carga física de trabajadores bananeros, uso e impacto de los plaguicidas en el ambiente, desarrollo de métodos de bajo costo para el monitoreo de aguas, distribución ambiental y fuentes de contaminación de plaguicidas en plantaciones bananeras, de arroz y de melón, calidad del recurso hídrico, distribución ambiental y efectos de los plaguicidas en el recurso hídrico incluyendo las zonas costeras, evaluación de la calidad del agua a través del uso de prueba de toxicidad, producción de banano sostenible (mejoramiento ambiental y socioeconómico), alternativas al uso de plaguicidas, promoción de la agricultura orgánica, química ambiental, análisis de multiresiduos de plaguicidas en matrices ambientales.
Cuadro 1. Resumen de la Historia del IRET
| Año | Actividad |
| 1982-1985 | Actividades de extensión universitaria con trabajadores agrícolas |
| 1986-1998 | Programa de Plaguicidas: Desarrollo-Salud-Ambiente: actividades investigación, extensión y docencia |
| 1988 | Proyección Centroamericana: Programa Regional de Plaguicidas (UNA/CSUCA) |
| 1990 | Programa Ambiente, Salud y Plaguicidas (SAREC/PPUNA). Apoyo a investigación y formación de recursos humanos |
| 1991 | Creación del Laboratorio de Análisis de Residuos de Plaguicidas (LAREP) |
| 1994 | Creación del Laboratorio de Estudios Ecotoxicológicos (ECOTOX) |
| 1998 | Creación del Instituto Regional de Estudios en Sustancias Tóxicas |
| 1999 | Creación del Programa de Maestría en Salud Ocupacional (MSO) |
| 2002 | Comité de Revisión Ética del IRET (CRE-IRET, primer comité de bioética en la UNA) |
| 2003 | Inicio del Programa Salud y Trabajo en Centro América (SALTRA) |
| 2004 | Creación del Comité Ético Científico de la Universidad Nacional (CECUNA) |
| 2005 | Creación del laboratorio de Estudios y Análisis Espacial de la Contaminación (SIG-IRET) |
| 2005 | Nombrado Centro Colaborador de la OPS/OMS en Epidemiología Ocupacional y Ambiental y Toxicología |
| 2006 | Creación del Programa de Maestría en Bioética |
| 2010 | Creación de la Maestría en Ecotoxicología |
Desde sus orígenes hasta el presente, el IRET-UNA ha ejecutado más de 100 proyectos de investigación, ha cooperado con más de 30 agencias nacionales e internacionales, atiende a una población de más de 300 estudiantes al año, cuenta con más de 500 publicaciones técnicas y científicas y ha recibido varios reconocimientos nacionales e internacionales.