Este laboratorio es el único en su naturaleza en la Región Centroamericana. Se especializa en la realización de estudios integrados de pruebas de toxicidad en organismos de diferentes niveles de la cadena trófica, de biodiversidad de las comunidades macrobentónica y microalgales; y de biomarcadores de exposición y de efectos.
Actualmente cuenta con una batería de organismos estándares y de organismos nativos para realizar las pruebas de toxicidad y una colección de referencia de organismos macroinvertebrados acuáticos para la investigación, la docencia, la extensión y la prestación de servicios.